> 最下位にしておかないと邪魔
「普通のウィンドウ」でぜんぜん邪魔にならないんですよね。
正直もう「最下位ウィンドウ」にする機能は削除してしまっても良いと思っています。
しかし、Heimdallrは昔最下位ウィンドウであることを売りにしていたという事情があるので、
こっそり削除してしまうと、「バージョンアップしたら最下位ウィンドウじゃなくなっちゃった！」というクレームが飛んできそうです。それが怖くて、なかなか削除できません。

最下位にしておかないと邪魔という固定観念にしばられていました。

お二方のアドバイスにそって設定したところ、
「普通のウィンドウ」で「全てのビューをポップアップする」で、一番やりたかったことに近くなりました。

ありがとうございます。

:Wineさん:
マウスジェスチャの
一時的に最前面表示
とかを使用してなんとかするのが良さそうです。

> 「最下位のウィンドウ」に指定してあるとダメなのかな
「最下位のウィンドウ」に指定してあると無理です。
「普通のウィンドウ」にする必要があります。
「最下位のウィンドウ」も「普通のウィンドウ」も使い勝手はあまり変わらないと思いますので、「普通のウィンドウ」にして試してみてはいかがでしょうか。

アドヴァイスありがとうございます。
しかし、

・「全てのビューをポップアップする」を「上」に割当て、ビューの上でジェスチャを行う
・タスクトレイのアイコンをクリック

どちらも上手くいきませんでした。
「最下位のウィンドウ」に指定してあるとダメなのかな

コメントが長くなりそうでしたので、自ログに書いてみました。
トラックバックしておきましたので、もし宜しければご覧ください。
(このコメントのリンク先でも見えます)

ブラウザの起動が遅い、というのは特に感じたことはないです。
明示的に表示ブラウザを指定して、Firefoxの新規タブに表示することが出来るので、それはとても気に入っています。

私の場合…
他の窓の裏に隠れてしまったHeimdallrの画面を手前に表示させるときは、
タスクトレイにあるアイコンをクリックすると手前に出てきます。
右クリック(メニュー表示)と間違えたときに、気が付きました。(笑)

ご意見どうもありがとうございます。

マウスジェスチャ機能で問題を解決できるかもしれません。
「全てのビューをポップアップする」という項目がありますので、これに「上」あたりを割り当てておくと、どこかのビューの上でちょっとこのジェスチャを行うだけで全てのビューが一旦最前面に表示されます。
次の記事が選びやすくなると思います。

いつも使わせていただいております。

僭越ながら、こういった機能があるといいなというものを。

常に最後面に表示させていますが、Heimdallrの表示を眺め、クリックするには前に他のウィンドウが邪魔なので閉じる必要があります。(はてなや話題の.jpなど記事が果てることのないサイトを登録しているので、記事があったら最前面は使えません。)
そこで、Windows+Mキーを押してすべてのWindowを最小しようとするのですが、Heimdallrまで最小化されてしまいます。
またクリックしてブラウザで読んだ後、他の記事を読みたい場合、いちいちブラウザを最小化しないといけません。多くの記事を次々とチェックしたい場合などこれが結構面倒です。

こんな時欲しい機能は…

　・ショートカットキーを押している間だけ、最前面表示
　・デスクトップ上ではなく、Webサーバー機能でWebページとしてブラウザ上で表示

失礼ながら、いちゃもんに便乗させていただきました。 m(_ _)m